Nous comptons divers partenaires au niveau national :

• La Société Française pour l’Etude et la Protection des Mammifères et les coordinateurs régionaux de son Groupe Chiroptères
• Le Ministère de l’Ecologie, du Développement Durable, et de l’Energie : http://www.developpement-durable.gouv.fr/
• La DREAL Franche-Comté, coordinatrice du plan : http://www.franche-comte.developpement-durable.gouv.fr/
• Le Centre d’Etudes et d’Expertise sur les risques,l’environnement, la mobilité et l’aménagement  : www.cerema.fr
• Le Ministère de l’Agriculture, de l’Agroalimentaire et de la Forêt : http://agriculture.gouv.fr/
• Le Ministère de la Culture
• Le Ministère de la Défense
• L’Office National de la Forêt et son réseau mammifères : http://www.onf.fr/
• L’Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage : http://www.oncfs.gouv.fr/
• L’Agence nationale chargée de la sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail et son antenne à Nancy
• Le Muséum National d’Histoire Naturelle de Paris : http://www.mnhn.fr/
• Le Muséum d’Histoire Naturelle de Bourges : http://www.museum-bourges.net
• Le Muséum d’Histoire Naturelle de Genève
• Le Centre de Coordination Ouest pour l’étude et la protection des Mammifères de Suisse
• Le Centre National de la Propriété Forestière et ses centres régionaux
• Association des Maires de France
• Assemblée des régions de France
• Association des Départements de France
• Les catégories socioprofessionnelles : ordre des vétérinaires, ordre des architectes, syndicat des énergies renouvelables
• Fédération Française de Spéléologie
• Fédération des Parcs Naturels Régionaux
• Parcs Nationaux de France
• Réserves naturelles de France