Nous comptons divers partenaires au niveau national :

• La Société Française pour l’Etude et la Protection des Mammifères et les coordinateurs régionaux de son Groupe Chiroptères
• Le Ministère de la Transition écologique et solidaire 
• La DREAL Franche-Comté, coordinatrice du plan
• Le Centre d’Etudes et d’Expertise sur les risques,l’environnement, la mobilité et l’aménagement  
• Le Ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation
• Le Ministère de la Culture
• Le Ministère des Armées
• L’Office National de la Forêt et son réseau mammifères
• L’Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage
• L’Agence nationale chargée de la sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail et son antenne à Nancy
• Le Muséum National d’Histoire Naturelle de Paris
• Le Muséum d’Histoire Naturelle de Bourges
• Le Muséum d’Histoire Naturelle de Genève
• Le Centre de Coordination Ouest pour l’étude et la protection des Mammifères de Suisse
• Le Centre National de la Propriété Forestière et ses centres régionaux
• Association des Maires de France
• Assemblée des régions de France
• Assemblée des Départements de France
• Les catégories socioprofessionnelles : ordre des vétérinaires, ordre des architectes, syndicat des énergies renouvelables
• Fédération Française de Spéléologie
• Fédération des Parcs Naturels Régionaux
• Parcs Nationaux de France
• Réserves naturelles de France