Les Chauves-souris dépendent d’un ensemble d’habitats.
De multiples facteurs menacent leurs populations :
la disparition ou la modification des gîtes : rénovation des bâtiments ou des ponts, fermeture de l’entrée des gîtes souterrains, abattage des arbres à cavités… ne prenant pas en compte ces mammifères…
la transformation de leur domaine vital (routes de vol et terrains de chasse) : densification du réseau routier, abandon du pâturage extensif, destruction des haies, disparition de zones humides, homogénéisation des boisements, artificialisation des cours d’eau…
les dérangements durant l’hibernation ou la reproduction,
l’utilisation de produits chimiques : traitement de charpentes, pesticides...